2025年9月11日，央视新闻客户端报道，外交部发言人林剑在当日例行记者会上就菲律宾外交部对中国设立黄岩岛国家级自然保护区提出抗议一事作出回应，明确阐述中方立场。
林剑强调，黄岩岛作为中国领土不可分割的一部分，中方在此建立国家级自然保护区完全是主权范围内的正当举措。该保护区的设立旨在守护黄岩岛独特的生态环境，保障自然生态系统的多样性、稳定性与可持续性，此举既符合中国国内法律法规，也遵循国际法基本原则，充分彰显了中国作为负责任大国在生态环境保护与可持续发展领域的坚定决心和积极作为。
"菲律宾的领土界限早已由一系列国际条约明确划定，黄岩岛从未被纳入其领土范围。中方坚决不接受菲方这种毫无道理的指责和所谓的'抗议'，并严正敦促菲律宾方面立即停止一切侵权挑衅行为和不实炒作，避免给南海局势带来不必要的复杂因素。"林剑在记者会上明确表示。
9月10日，中国政府网正式发布《国务院关于新建黄岩岛国家级自然保护区的批复》文件，明确同意设立黄岩岛国家级自然保护区。该批复指出，建立此保护区是维护黄岩岛自然生态系统多样性、稳定性、持续性的关键保障措施。
批复文件同时要求，各相关部门及地方政府必须严格遵守《中华人民共和国自然保护区条例》及自然保护地建设管理的各项规定，切实履行生态环境保护职责，加强组织领导与协调配合，健全管理机构设置，加大对涉及自然保护区各类违法违规行为的监管执法力度，确保各项管理措施落到实处，持续提升国家级自然保护区的建设与管理水准。
批复中还提到，黄岩岛国家级自然保护区的具体面积、范围及功能分区等详细信息，将由国家林业和草原局另行公布。
9月10日晚间，国家林业和草原局随即发布公告，依据《中华人民共和国自然保护区条例》的相关规定，对黄岩岛国家级自然保护区的面积、范围及功能区划进行公布。公告内容显示，该保护区地处海南省三沙市，总面积达3523.67公顷，其中核心区面积1242.55公顷，实验区面积2281.12公顷，主要保护对象为珍贵的珊瑚礁生态系统。
自然资源部海洋发展战略研究所副所长徐贺云在接受中央广播电视总台南海之声采访时表示，中国设立黄岩岛国家级自然保护区，为维护该区域自然生态系统的多样性、稳定性和持续性提供了重要的制度保障，这一举措将有效加强对黄岩岛珊瑚礁生态系统的保护与管理工作，遏制人类活动对保护区内生态环境和生物资源可能造成的不良影响与破坏。
徐贺云进一步介绍，黄岩岛海域拥有丰富的造礁石珊瑚种类，珊瑚礁生态系统结构复杂多样，生物物种丰度较高。该区域的造礁石珊瑚均为中国国家二级保护野生动物，其中有41种被列入《世界自然保护联盟濒危物种红色名录》（IUCN红色名录）的近危物种，14种被列为IUCN红色名录的易危物种。此外，黄岩岛海域还分布有砗磲等多种珍稀濒危生物。由于该海域是重要的渔场和天然避风港，渔业活动产生的生活污水和废弃物已对珊瑚礁生态系统构成潜在威胁，加之全球气候变化和人类活动影响的双重作用，该区域生态系统的脆弱性不容忽视。
中国南海研究院区域国别研究所所长丁铎在接受环球时报采访时表示，新建黄岩岛国家级自然保护区，是中国在公布黄岩岛领海基点基线之后，依法依规推进海洋空间管理、实施科学管海用海的必然举措。
丁铎指出，作为黄岩岛的主权国家和南海地区最大的沿岸国，中国拥有对该海域生态系统实施保护的权利，同时也肩负着重要责任。设立国家级自然保护区，不仅是中国行使国家主权和管辖权的具体体现，也是积极履行《生物多样性公约》等国际公约义务的实际行动，充分展现了中国作为负责任大国的国际担当。
"黄岩岛国家级自然保护区的建立，是中国在统筹国内法治建设、国际责任履行、生态环境保护与舆论正确引导等多方面因素基础上，采取的重要举措。这不仅是中国有效维护自身领土主权、全面推进生态文明建设的具体步骤，也是深化南海生态环境合作与治理的关键行动。"丁铎补充道，该保护区的设立也有力地回应了国际上部分势力对中国南海环保政策的无端指责。